第一，加强公共卫生体系建设。一是努力增加疾病预防控制和妇幼保健工作经费，指导公共卫生机构认真履行职责，做好各项服务。二是加强公共卫生能力建设，提高人员技能，改善服务质量。三是建立公共卫生机构与医疗、农村和城市社区卫生机构的合作机制，构建城乡公共卫生安全网。四是研究制订公共卫生机构工作绩效评估标准和评价办法。五是加强卫生应急体系建设，健全卫生应急管理和协调机制，完善卫生应急预案，完善公共卫生信息体系，健全监测预警系统、医疗救治系统和指挥系统，提高快速反应能力，有效应对各类突发公共卫生事件。
在加强公共卫生体系建设的同时，要认真落实艾滋病、肺结核、血吸虫病和乙肝等重大传染病防治政策，组织开展“十一五”重大传染病防治专项科研工作。落实鼠疫、非典、人感染高致病性禽流感等急性传染病的防控措施，完善部门联动机制；努力构建慢性病防控体系，对高血压、糖尿病、心脑血管病、恶性肿瘤等严重疾病实施有效预防、控制和康复。继续深入开展爱国卫生运动，改善城乡卫生面貌。加强采供血机构质量体系建设，继续推进无偿献血，保证采供血安全。加大职业病防治力度，控制地方病流行。加强健康教育和心理保健咨询，普及健康知识，促进心理健康。帮助群众掌握保健知识，养成健康文明的生活方式。
第二，加强农村卫生服务体系建设。认真实施《农村卫生服务体系建设与发展规划》，巩固和健全县、乡、村三级农村医疗卫生服务网络，以县级医疗卫生机构为龙头，以乡镇卫生院建设为中心，在每个乡镇建设好1所公立卫生院，每个村建设好1所卫生室，力争到2010年，建设起比较完整的农村医疗卫生服务体系。坚持以乡村两级为重点，加强农村三级卫生保健体系建设，落实职能、人员和工作经费，积极推进乡村一体化管理。开展乡镇卫生院收支两条线管理试点。加强农村卫生队伍建设，为农村培养更多适宜卫生人才，组织对乡镇卫生院业务骨干和乡村医生的岗位培训。继续开展“万名医师支援农村卫生工程”，选派城市优秀医务人员到农村服务，鼓励双方建立长期稳定的协作关系，使这项工作经常化、制度化。继续实施《中国农村初级卫生保健发展纲要（2001-2010年）》，探索初级卫生保健工作的新思路、新措施。
（二）加快推进新型农村合作医疗。