一、市疾控中心实行两会卫生保障日报告制度
北京市疾控中心从3月2日至3月22日实行“全国两会”卫生保障日报告制度。报告包括每日全市疾控系统两会保障工作动态和全市疫情监测动态。同时，加强对区县的督导，要求各区县疾控中心加强两会期间传染病暴发与突发公共卫生事件的监测，建立24小时值班制度，做好各种突发事件应急处理的工作，全力配合大会卫生组对驻地卫生检测工作，做好大会的卫生保障工作。
二、两会卫生保障疫情监测情况
市疾控中心通过本市疾病监测网络对两会期间的疫情动态监测结果显示：3月2日至3月8日，本市无甲、乙类传染病的暴发疫情报告；全市无传染病暴发、食物中毒、生活饮用水污染、职业中毒等突发公共卫生事件报告；流感样病例数稳定在较低水平。市疾控中心在关注国内疫情时，发现西藏发生一起动物间禽流感疫情，3月5日得到农业部门确认，市疾控中心已通过每日防病保障信息提醒大会卫生组注意。
三、两会期间市疾控中心加强外环境食品霍乱监测工作
时值两会召开期间，市疾病预防控制中心高度重视外环境食品霍乱监测工作，在日常工作要求的基础上，市疾病预防控制中心采取了新的措施：进一步加强监测工作，要求发现阳性标本的区县应该扩大采样，原则上应为计划采样数量的2倍以上。
四、两会驻地卫生保障第二次检测工作结束
3月6日全国两会驻地卫生保障第二次检测工作结束，东城、西城、宣武、海淀、朝阳五区疾控中心共检测两会驻地冷荤凉菜及工具涂抹样品503件，目前正在集中检测中，检测结果将会及时反馈驻会卫生监督部门。
五、全市疾控系统全力保障两会
北京市疾控中心继续进行相关区县“两会”卫生保障的巡查工作，3月7日走访了朝阳区疾控中心，通报了近期情况，并提出了具体要求。朝阳区疾控中心表示，将进一步落实提出的要求，做好两会的各项保障工作；东城区疾控中心继续加强北京站滞留旅客健康安全的监测、巡视，加强与北京站站前医务室的联系，以便及时了解北京站滞留旅客及旅客就诊情况并做好了疫情应急处理各项准备；东城区疾控中心加强超市及农贸市场外环境和食品的监测采样力度，截至3月7日累计采样100件,其中常规采样60件，扩大采样40件。