20世纪70年代初期，于惠元教授和侯宗昌教授在北京友谊医院泌尿外科组建肾移植研究室，并于1972年同广州医学院梅骅教授合作成功完成了我国首例亲属异体肾移植术，填补了我国肾移植的空白。三十多年来，经过几代友谊人不懈努力，在肾脏移植领域已经形成了组织配型、移植技术，移植后管理等一整套科学方法。1997年被确定为北京市器官移植配型中心，1998年该中心与世界著名配型专家，美国南加州大学的Terasaki教授合作建立了中美Terasaki配型中心，将世界先进的配型技术和手段应用于国内肾脏移植的工作中。目前泌尿外科已突破同种异体肾移植手术3500余例次，肾脏移植患者健康出院率达98%以上, 人/肾存活率接近国外最好水平，生存最长的患者已达30年之久，成为全国肾脏移植之最。
北京友谊医院泌尿外科的全体医务人员不断开拓创新， 建立和完善了前列腺疾病、泌尿系肿瘤、腹腔镜、泌尿系结石（输尿管镜、经皮肾镜）及肾脏移植等专业组，使泌尿系疾病的诊治更加系统化和规范化，显著提升了学科的专业水平，成为设备先进、人员配备合理、学科建设较完善的泌尿学科人才培养基地。
2002年以来，泌尿外科领导集体把握国际发展趋势，重点开展了输尿管镜、经皮肾镜和腹腔镜等微创技术在泌尿外科疾病诊断及治疗中的应用。目前该科已经能够完成包括腹腔镜下肾上腺肿瘤，肾癌根治切除术，肾盂癌肾-输尿管全长-膀胱部分切除术，肾盂成型术，肾盂、输尿管切开取石术，保留肾单位肾肿瘤切除术，后腹膜淋巴结清扫术，膀胱全切除术、前列腺癌前列腺根治切除术等多种复杂手术，腹腔镜手术3年突破1000例次。同期输尿管镜及经皮肾镜技术的引进填补了泌尿腔镜技术空白，完成手术700例次，开创了治疗尿路疾病的新方法。积极引进新技术，将钬激光前列腺剜除术应用于临床，明显减少出血量，医疗质量显著提高。目前微创手术已占该科年手术量70%以上，在例数、难度、成功率方面居于我国泌尿外科专业前列。
20世纪90年代初，该科先后开展了肝肾联合移植、胰肾联合移植。为治疗糖尿病性肾病，还开展了胰岛细胞-肾联合移植的研究工作，并于1997年首先在国内将该技术应用于临床。近年来，大力开展亲属肾移植工作,已成功完成亲属供肾移植60例，其中2006年完成亲属肾移植27例，人/肾存活率均达100%。
该学科现拥有一支从事泌尿外科及肾移植以中青年为骨干的临床及科研队伍。全科共有专业人员85人，正、副高级职称人员17人及一批中青年博士、硕士研究生。伴随泌尿学科专业水平的不断提高，该科医技人员在学术界也日趋活跃。科室主要学术带头人在中华医学会，中华泌尿外科学会和中华肾脏移植学会等专业组织中担任多种职务。
长期以来，他们承担和完成了多项部、市级科研课题，在国内外杂志发表论文300多篇，1995年以来完成专著10余部，获部、市、局级成果30余项。