2007年卫生工作的总体要求是：以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，全面落实科学发展观，认真贯彻党的十六届六中全会精神，围绕建设基本卫生保健制度，着力推进公共卫生、农村卫生和城市社区卫生加快发展，着力推进医药卫生体制改革，着力提高医院管理水平，着力加强卫生人员队伍建设，为维护人民健康、促进社会主义和谐社会建设作出新的贡献。
一、深入贯彻落实党的十六届六中全会精神，围绕建立基本卫生保健制度，研究制定医药卫生体制改革方案
党的十六届六中全会通过的《中共中央关于构建社会主义和谐社会若干重大问题的决定》（以下简称《决定》），强调了我国医疗卫生事业在经济社会发展中的重要地位和作用，明确了当前和今后一个时期卫生事业改革和发展的方向，是指导我国医疗卫生事业改革和发展的纲领性文件。各级卫生行政部门都要认真组织学习《决定》，深刻领会《决定》精神实质、准确把握《决定》提出的目标、方向，把思想和行动统一到《决定》精神上来。要围绕建设中国特色的城乡居民基本卫生保健制度，遵循政府主导、社会参与、转化机制、加强监管的原则，从解决群众反映最突出的问题入手，深化医药卫生体制改革，改善医疗卫生服务，加快医疗卫生事业发展，不断提高人民健康水平。
要积极主动与有关部门共同研究医药卫生体制改革方案，确立人人享有基本卫生保健的内容和措施，探索建立以公共卫生、农村卫生和城市社区卫生为基础、覆盖城乡居民的基本卫生保健制度；积极促进不同形式的医疗保险制度建设，加快推进新型农村合作医疗，支持发展商业医疗保险，推动完善城乡医疗救助制度，构建中国特色的健康保障体系。
进一步完善医疗机构分类管理，强化公立医疗机构的公共服务职能，规范公立医疗机构管理，深化公立医疗机构运行机制、财政保障机制和监督管理机制改革，推进医疗机构属地化和社会化管理。积极推动国家基本药物制度建设和药品购销体制改革，大力推广适宜医疗技术和安全、有效、低价药品，促进中医药和民族医药发展。
二、加强重大疾病防治，做好卫生应急工作
三、加快新型农村合作医疗制度建设，推进农村卫生工作