据介绍，福建省出口医药品的四大出口市场分别为欧盟、印度、韩国和中国香港。民营企业是福建医药品出口的主力军，共出口医药品3100余万美元，约占出口总值的67%。
虽然医药品出口增长态势良好，福州海关有关人士仍然指出当前面临的严峻挑战：首先是出口结构不够合理，出口产品科技含量低。福建省医药品出口中超过八成是化学原料药，而以生命科学技术和生物技术为代表的高新技术医药产品出口比例较小，仅占闽省医药品出口的14.8%。
其次是贸易摩擦问题日益突出。今年印度对中国青霉素工业盐的反倾销诉讼与美国对中国VC反垄断调查案的开庭，更是使中国医药企业陷入反倾销与反垄断的双重挤压。
此外，近年来印度制药业突飞猛进，某些原料药品种如扑热息痛，大有赶超中国之势。印度制药企业在国际化程度、新药研发和创新能力方面也都具有较强的竞争力。