青海省食品药品监督管理局提供的资料显示，由于对天然野生药材缺乏有效保护，生产企业掠夺式的采集与收购致使药材资源日趋匮乏，个别药材甚至濒临枯竭。
以红景天和冬虫夏草为例，目前国内以红景天为主要原料生产药品及保健品的有６家企业，年需红景天原料２０００吨以上，而红景天一般需自然生长７～８年方可采用，虽然目前红景天的储量还算丰富，但照此下去，再有５年左右的时间红景天资源将近枯竭。而冬虫夏草在上世纪８０年代，一个成年人采挖一个月可采２～３斤，到９０年代随着市场价格不断上升，冬虫夏草的采挖量逐年增多。而现在，一个成年人采挖一个月最多只能采到半斤，冬虫夏草的资源也趋于枯竭。
青海省药监局药品安全监督处处长魏富财认为，资源开发深度和广度的缺乏也是导致藏药材资源逐年短缺的原因之一。一方面高原生态脆弱，再生能力差，现有生产品种所消耗的药材资源用量大，野生资源储量越来越少，自然再生能力又十分缓慢。另一方面，７０％以上的药用资源品种如罗布麻、艾叶、泽泻、老鹳草等药材并不为人们所利用，自生自灭。再一方面，大部分产品生产方式都是以粗放型加工为主，没有真正形成药物的节约型的精深加工，资源没有得到深度的开发利用。
此外，尽管目前人工栽培和种植已成为解决部分藏药药材资源短缺问题的重要手段和主要途径，但由于这些药材大多属于野外自然生长，人工种植难度很大，加之缺乏科学指导以及企业投入，广大农牧民种植药材的积极性还有待提高。
对此，有关专家建议，藏药生产企业应大力发展循环经济，节约资源，降低能耗。利用现代科学技术，积极发展再生资源和替代资源，发展环保技术，做到边开发、边补偿、边治理，使其产业可持续发展，资源能够得到保证。同时，政府有关部门也应加强充分利用资源和保护资源的宣传力度和管理，组织筹措资金，研究药材的生态环境和品种基因，建立大规模的栽培基地和资源保护基地，统一规划，加强管理，以确保藏医药产业的可持续发展。