为进一步规范中药材专业市场经营秩序，保障药品质量，国家食品药品监督管理局要求各地食品药品监管部门加大对中药材专业市场的监管力度，对违法经营、制假售假、危害公众用药安全的违法违规行为要依法严肃处理，对目前中药材专业市场存在的突出问题和监管难点要进一步分析研究，创新监管模式。通知倡导中药材市场向企业化经营发展。
20世纪90年代初，全国自发形成了100多个药材市场，有很多演变成为药品集贸市场，甚至成为假劣药品集散地。在国务院纠风办、公安部、工商总局及药监部门的共同努力下，全国先后取缔了116个非法药品集贸市场，1996年批准保留了目前的17个中药材专业市场。这些专业市场对活跃药材流通、规范市场秩序发挥了积极作用，但也存在一些经营者利用交易方式落后等市场弊端，以假充真、以次充好、超范围经营中药饮片等问题。
目前，17个中药材专业市场中，兰州黄河中药材专业市场已经改革成为一个合法的药品经营企业，其核定的经营范围是中药材、中药饮片，其管理基本符合药品经营质量管理规范（GSP）。安徽省亳州中药材专业市场等5个市场已经实行企业化管理。