这次由深圳市劳动和社会保障局牵头的检查，聘请了广东省医疗专家和深圳市医疗卫生物价管理部门人员，对全市2006年度医疗保险病例进行联合检查，对4家市属大医院和6个区人民医院2006年一至三季度发生的医疗保险的病历进行抽查，重点检查入院标准、疾病诊断、检查和用药的合理性及诊疗、药品收费情况。
检查报告显示部分医院存在以下违规现象：过多使用针对性不强的辅助性药品和价格昂贵的药品，在使用上没有根据病情变化及时调整用药，或疗程过长，一些病例使用针对性不强的辅助性药品和价格昂贵的药品费用占总药费将近三分之二；一些检查没有根据病情变化调整检测次数，如一病例住院3天，检测血糖15次，一些辅助检查缺乏针对性、目的性，以“套餐”形式进行检查；过度监护比较严重，一些病例从入院到出院，即使病情好转，仍用多功能监护仪全程监护；收费管理不到位，例如一些辅助检查，没有医嘱但有收费记录，有的虽有医嘱但没有报告单，造成多收费现象。