重庆惠民医疗促进会秘书长李捷认为，医院在药品销售收入中分成比例过高，这就会促使医院、医生和医药商业公司之间形成一个新的利益共同体。
“尽管按设计者的说法，医药公司追求单个药品利润的最大化，但医药公司仍会希望做大利润空间大的药品的销售量。而这个取向跟医院是一致的，医院自然会鼓励医生多开这样的药。”李捷说。
武汉万佳乐医药集团董事长陈义军曾专门到南京考察药房托管，他目前在武汉试行另外一种不同的药房托管模式。他认为，南京模式给医院的分成比例高达40％，会刺激医院采取一系列的商业手段来提升利润，最后受损的仍是老百姓。
具体说来，同一类药品有大厂家生产的品牌药和小厂家生产的非品牌药之分，品牌药厂家给医药公司的折扣率低，比如合资药厂一般给的折扣率最低也只有8．5折,而非品牌药则反之，能给到4折甚至更低。而南京医院的托管方要将药房销售额的40％左右交给医院，托管后药品还要降价几个百分点，再加上药房人员工资、奖金等，成本一项占药品收入比例近50％。
陈义军认为，按照南京的设计，托管的医药公司现在购买合资药厂的品牌药势必造成亏损，这就会驱动医药公司大量购买小厂家生产的高毛利的非品牌药，导致非品牌药大量替换品牌药的情形出现。如此会剥夺医生和患者在用药上的选择权。
“医药公司可以把小厂家生产的非品牌药的价格压得很低，同时还能给厂家留出用以促销的利润空间。这也正是医药代表不可能彻底消失的真正原因。”陈义军说。
《证券市场周刊》在南京的调查似乎验证了陈义军的担心。该周刊记者经调查发现，一些??已遭抛弃，取而代之的是一些缺乏市场竞争力的小药厂的产品，其中一些药甚至不在医院公开的招标药品目录中。
南京市卫生局有关负责人告诉本报记者，目前非品牌药替换品牌药并不是普遍现象。他表示，医院、政府和纪检部门会对托管方形成多方监管，以避免出现类似的情形。此外，老百姓对医院的选择事关医院的竞争力，也会促使医院严格把关。