改革触动了谁的利益
推行者试图通过设置隔离墙的方式，切断医生和药厂之间的联系，挤压过去医生和医药代表的不当得利，减少药品购销中过多的中间环节。这无疑极大触动了医生和医药公司的既得利益。
雨花区卫生局局长钱颐对推行初期引发的强烈震荡记忆犹新。那时雨花医院药房18位工作人员一起来找院领导谈心，“别说谈心了，18个人往那里一站，院长心里都得打鼓啊。他们站在那里讲，如果你们真要实行药房托管，我们就把药房关起来，静坐示威”。一些医生和药房工作人员甚至扬言要抱着院领导跳楼。
2006年4月药房托管推行初期，主管副市长竟收到一封恐吓信：你市长搞药房托管就是断掉我们的财路，如果让我们活不下去，我们要下掉你的腿。
“这说明改革触动了太多人的利益。”陈绍泽说，医生不当利益这块收入肯定降低，而且对于有的医生来说是大大地降低了。南京市纪检委查处的那家三甲医院的神经科，收入最高的的科主任每月6000元至8000元，甚至高达1万元，但这些科主任工资单上的收入只有两三千元。回扣收入远远高于工资收入。
陈绍泽表示，药房托管过程中，那些利益受损的医生以种种理由加以反对，包括托管后用药安全得不到保障、急救药得不到及时供应等。
医药代表会彻底消失吗
改革固然艰难，但药房托管是否真能彻底切断医生和药厂之间的联系，则一直是各界质疑南京药房托管模式的一个重要方面。
中国医药竞争力研究中心主任李磊认为，只要医生处方和药品销售的利益关系仍然存在，医生拿回扣还是难以杜绝。由于医院按照销售收入的40％分成，而医生的工资和奖金取决于医院的收入状况，这就驱动医生仍然会继续开大处方，医药代表也不会彻底消失。