在设计者看来，由于托管药房后掌握了向医院的供药渠道，大大增加了医药商业企业与药厂谈判的筹码，压低进药价格能保证医药商业企业获利，也能促使药厂的利润水平回归正常。
为将高价药驱逐出医院，江苏省规定10元以内药品医药公司的购销差价率为38％，10元至50元药品的差价率为30％，50元至500元药品的差价率为25％,500元以上药品的差价率为18％。由于低价药差价率高，用量大，就会刺激医药公司主动进低价药，而不是高价药。因为尽管高价药差价绝对数大，但用量少，为医药公司带来的收益反而不如低价药。
推动者市纪检委
令人意外的是，药房托管在南京的推动者竟然不是医院的主管单位卫生局，也非医药公司的主管单位药监局，而是南京市纪检委。其初衷更大程度上是为了“遏制收送回扣、红包、开单提成、乱收费等医药购销和医疗服务中的不正之风”，所抵制的主要是商业贿赂。南京市市委副书记、纪检委书记陈绍泽是药房托管的力推者。
该市查处的一系列商业贿赂案促使这位纪检委书记下定决心清肃药品回扣现象。
南京一家医院药房的两个工作人员为“公平分配”回扣收入，竟然互相设置摄像头监控对方；2005年南京有5家医院的院长或书记因收受贿赂而锒铛入狱。
南京市纪检委曾查处一家三甲医院的神经科，该科室一共有20名医生，从2003年4月份到2006年5月份的三年多时间里，医生们收受各种各样的医疗回扣达200万元。
设计者认为，药房托管模式带来的更重要的一个好处就是，由医药商业企业托管药房，相当于在医生和药厂之间树起了一道隔离墙，挤出了过去医生处方回扣和医药代表提成这两块不当得利。
“现在医药购销和医疗方面的这些不正之风，比如药品回扣、中间环节过多所增加的成本，最终都增加了药品的费用，要加在患者头上。这样一股不正之风如果不刹掉，政府就是对老百姓不负责任。”陈绍泽说。