水路交通是该地区的最主要的优势，长江及沿海遍布26个大小港口。长江和京杭大运河纵横交错，内河航运便利；同时拥有上海港、舟山港和宁波港等全国性优良的港口。各港口开始逐步建立自己的专业粮食码头和装卸设备，以提高粮食装卸效率（见表3）。
另外，各地在其粮食物流规划中更加注重粮食专业码头和港口的建设，部分粮食专用码头以及专用铁路线已经开始建设并逐步投入运营。目前处于规划和建设中的码头主要有：舟山港、宁波港将分别规划建设5万吨兼靠8万吨码头一个、3000吨级装船码头一个，并将分别实现港口接卸和中转能力30万吨、10万吨；嘉兴独山港和温州龙湾港也已经规划建设万吨粮食专业码头和中转粮库。同时各港口还将把物流信息平台建设和铁路专线建设作为未来重点来抓。
3.粮食物流储存资源
长三角地区作为我国粮食主销区，粮食仓储资源丰富，两省一市共拥有有效仓容量1710.68万吨，其中主要以平房仓为主，占到总仓容量的95％左右。其他仓库种类如地下仓、立筒仓、楼房仓等数量和仓容量相对较小（见表4）。
江苏仓储资源最为丰富，体现了粮食主产区和主销区的特点，有效仓容量占到整个长三角地区的60％左右，远远超过浙江和上海。
长三角地区仓储资源的另一表现为粮食仓库数量众多，仅江浙两省仓库数量就达到2934个，其中2.5万吨以下仓容量的仓库达到95.6％，小仓库遍布各地，而大型仓库尤其是10万吨以上的仓库只有6个，主要集中在江苏境内（见表5）。
4.粮食物流信息资源
信息技术是粮食现代物流的重要组成部分，贯穿于粮食物流的整个过程中，是提高整个粮食物流运作效率的重要基础和保障。近几年，长三角地区在粮食现代物流信息化建设方面取得了一定的成果，总体水平位于全国的前列。主要体现在一下几个方面：