动物存在以下５种健康问题：呼吸道疾病，尤其对猪和禽的影响较大；腿及关节疾病，这种病各种动物都可能发生；肠道疾病，很多种动物都可能感染；非传染性疾病，如鸡的腹泻和急性死亡综合征等，这类病不是由细菌而是由饲料中的霉菌毒素引起的；免疫抑制疾病，这种病会降低机体的抵抗力，提高动物对传染性疾病的易感性。生产中可以通过一些营养学方案缓解这些问题。
一、保持胃肠道完整。胃肠道是动物机体与外界环境沟通的通道，同时也是机体抵御外界病菌和毒素入侵的最后一道防线。采食活动中胃肠道总是有可能接触那些会对其结构造成损伤并对机体健康构成威胁的饲料成分、霉菌毒素和病原微生物，使动物由于营养吸收不良和微生物入侵而引发各种肠道疾病，有几种氨基酸能改善胃肠道功能的完整性。如谷氨酸在仔猪断奶初期能减轻日粮对肠绒毛的损害，从而保护胃肠道黏膜；精氨酸也能起到组织修复和提高免疫力的功能；丁酸能作为胃肠道上皮细胞的一种重要能源物质被吸收利用。谷氨酸和精氨酸的价格较高，因而限制了其在动物饲料中的添加量，但是丁酸价格适宜，因此被广泛添加到某些饲料中。
二、抑制致病细菌的生长。致病细菌在胃肠道内的不断生长繁殖威胁着动物的健康，对此可以通过选择优质原料（以控制原料中的细菌数）和在饲料中添加营养性药物（以促进营养物质的快速消化吸收）的方法达到抑制细菌生长的目的。例如：仔猪断奶应激综合征就是由于日粮中的营养物质消化不良引起的，熟化大米和动物蛋白质型日粮可有效降低其发生率。这种日粮对猪的某类痢疾也起着类似的作用。再比如小麦、大麦或黑麦型日粮易引起肉仔鸡消化紊乱，在日粮中添加戊聚糖酶或β—葡聚糖酶能明显改善消化紊乱。
中央一号文件着重指出，饲养业要“积极推行健康饲养方式”，逐步扭转近年各类畜禽疫情难防难控以及畜禽产品因药残引发的食品安全、出口受阻等窘迫局面。改变落后的饲养观念，改善饲养方式和饲养环境，突出饲养管理在预防疫病中的地位，对推动未来饲养业由规模效益向质量效益提升具有深远的指导意义。