为进一步规范棉种生产管理，提高棉种质量，农业部对2006/2007年度部分棉种生产与经销单位的棉种进行了抽查，结果显示合格率为100%，比上年的91.9%有显著提高。
这次抽查范围为河北、山东、河南、江苏、湖北、安徽、新疆等7个棉花主产省区的32家棉种生产与经销单位，抽查的品种都是目前主产棉区的当家品种或主推品种，代表种子数量56.0万公斤，涉及种子库存量662.6万公斤。对抽查的33份样品中的31份样品进行了纯度、净度、发芽率和水分4个必检参数的全项检验，合格率为100%。其余2份样品进行了部分参数检验，也均达到了国家标准。在抽查的18份毛子样品中，检测出带黄萎病菌的样品有7份，占38.9%，比去年降低了12.8%，带枯萎病菌的样品有9份，占50.0%，比去年增加8.6%。
农业部种植业管理司要求各棉种生产与经销单位，继续加强管理，强化质量意识，规范良种繁育程序，提高种子加工水平，严格执行国家和行业标准。由于种子样品带病菌的比例仍然较大，引种时应避免以毛子交易，并加强种子检验检疫，防止枯、黄萎病传播蔓延。各产棉省区要在棉种生产、加工和销售期间，组织检查、加强指导，切实抓好棉种质量监督和市场管理，维护生产者和消费者利益，促进棉花生产稳定发展。