改革开放以来，我国畜牧业稳步发展，无论是畜禽的饲养量，还是畜牧业产品产量及人均占有量都呈明显的上升趋势。畜牧业发展开始由传统畜牧业向现代畜牧业转变。畜牧业的发展对于建设现代农业，促进农民增收和加快社会主义新农村建设，提高人民群众生活水平都具有十分重要的意义。但畜牧业发展中，也逐渐暴露出一系列的问题。总的来看，中国的畜牧业仍处在传统饲养方式与现代化养殖方式并存、传统养殖方式占支配地位阶段。规模小、品种杂，人畜混居、散放散养、混放混养、粗放经营。
一、畜牧业发展中存在的主要问题
1．农村居民生产和生活环境恶化。随着经济发展，一家一户的养殖方式已经不能满足市场增长的需要。尤其是改革开放以后，小农经济也开始加速向商品经济转化，在农户家庭养殖这一基本事实没有改变的情况下，畜禽规模的扩大意味着牲畜与人争空间。多数家庭畜禽养殖户环境较差，粪便满地，臭气熏天。夏天苍蝇、蚊虫肆虐；污水横流，造成浅表水源污染，造成农村居民生产和生活环境严重恶化。
2．扩大再生产和增加农民收入的约束。农区家庭养殖方式，不仅是生产生活环境的问题，畜牧业发展到今天，即使朴实的村民能够忍受长年累月的气味和粪便污染，但扩大生产规模的要求却难以满足。由于市场需求的扩大和农民增收的需要，房前屋后的家庭养殖及放养已经没有扩大生产所需要的空间，农民迫切需要有足够的饲养场地扩大畜禽生产，增加出栏量，提高收入。
3．畜产品质量问题突出。受利益驱动，部分养殖户会采用不恰当的饲养方法和手段生产劣质甚至有毒的畜产品。在过去几年间，“瘦肉精”、苏丹红等事件接连不断，对城乡居民的身体健康及消费心理造成了严重影响。但是传统养殖方式下，利润追逐和道德法律冲突问题频频发生，加之养殖户高度分散，难于管理，不能保证上市畜产品符合无公害标准。
4．小生产和大市场矛盾。畜产品是我国的优势农产品，加入WTO后，希望畜产品能够增加出口。但由于传统养殖方式的缺陷，难以形成加工出口要求的规模，产品标准化程度低，影响了加工业和出口竞争。
5．疫病防治困难。由于大量的分散饲养，难以有效的防止交叉传染、控制动物疫病、建立公共卫生防疫和环境控制标准。
6．难以抵御市场波动风险。传统养殖方式，不能预测和适应市场变化，无法受市场价格波动所带来的风险，对畜禽业的整个产业波动起推波助澜的作用。