项目提出，要增强食品安全科技自主创新和监管工作的技术支撑能力，在风险评估、检验检测、溯源与预警等方面取得突破，加强检测方法和设备研发，完善食品安全标准体系，获得一批具有我国自主知识产权的相关设备和试剂，开展食品安全战略研究和国际合作。
项目计划建立我国食品安全病原微生物、农药和兽药残留、化学污染物（含生物毒素）、食品相关产品有毒有害物质等食品危害的分析、预警与快速反应平台，建设４个—５个食品危害物风险评估中心或基地；完成１５０项—２００项国家检测方法和标准物制定工作，研制１５种—２０种标准物质。
项目还计划重点开发一批食品危害物多残留前处理及代谢表征技术、食品真实属性表征技术、快速与高通量检测技术、执法现场快速检测取证技术及其仪器设备；进一步完善食品安全综合监测、溯源和快速预警系统，建立１０个动态数据库，掌握数据样本超过５０万份；完善食品安全合格评定体系，建立５个—１０个综合示范区。