目前，该公司已先后推出了网上值机、城市值机和自助值机“三大”特色值机服务，以减少旅客的候机时间。
网上值机是指购买南航电子客票的旅客可以在家中或自己办公室提前登陆南航官方网站选择座位,并用普通A4纸将登机牌打印出来。
城市值机是指销售南航电子客票的代理单位可以登陆南航城市值机系统提前为旅客选择座位并用专用的凭证为旅客打印登机牌。
自助值机是指旅客通过南航在机场提供的自助值机设备办理乘机手续的一种自助服务。旅客只要在航班起飞前1小时，直接到自助柜员机上按照电脑提示输入相关信息如明珠卡号、身份证号码或票号，再得到系统确认后，根据喜好选择座位，即可打印登机牌，每位旅客可以重新选择三次，登机牌会显示旅客座位号及登机口信息，此过程仅需1分钟，然后凭此登机牌通过安全检查和登机。
在办理上述三种值机手续后,需要托运行李的旅客，在到达机场时需到普通值机柜台办理行李托运手续。