一，建设管理体制尚未理顺，改革滞后于发展。 目前不少公路项目的建设、筹资和还贷主要依赖政府，客观上加快了公路建设，但也有少数地方政府过度超前建设高速公路，大大超出当地财政承受能力。
一些主管部门在项目建设中既是决策者，又是管理者和建设者，项目法人治理结构不完善，加之监督制约机制不健全，极易产生权钱交易、非法谋取部门和小团体利益等问题。
二，责任追究机制未落实到位。 政府对公路项目建设管理有明确的法律法规规定，但一些地方政府、项目建设单位，重公路项目建成数量和速度，轻项目管理和群众利益，对历次检查发现的问题不及时纠正、不依法追究责任，助长挤占挪用建设资金、非法转分包、违规征地和拖欠补偿款等违法违规问题发生，且屡禁不止。
三，一些地方政府为了争取立项，在可行性研究阶段高估车流量，夸大预期效益，而公路建成后车流量达不到预测值，导致公路资产利用率低下。一些地方超出本地财力可能，建设公路项目，建设中资本金到位率低，不得不大幅增加银行贷款，致使建成后经营收入难以偿还贷款本息。