一是16个项目因勘察设计失误，违反基本建设程序，盲目赶工抢工等原因，造成损失浪费和增加投资27.18亿元。如贵州省一家设计单位的部分领导收受贿赂296万元后，将遵义至崇溪河高速公路的地质勘察工作违规分包给10家单位；因部分勘察人员不具备勘察资质，造成勘察结果与实际地质状况严重不符，使工程增加投资和损失浪费共7.2亿元。内蒙古自治区交通部门在呼和浩特至老爷庙高速公路建设中，为追求速度，将4年工期压缩为28个月，并以未经批准的初步设计方案进行招标，后因批准的设计方案较初步设计方案有变化，实际弃土量超过设计弃土量513万立方米，增加投资3827万元。
二是10个项目的建设单位审核不严，少数工程技术人员甚至弄虚作假，导致多计工程款5.29亿元，占合同价款的9%。如武汉市绕城高速公路东北段工程建设单位少数人员和监理人员在收受、索取施工单位贿赂300多万元后，纵容甚至“帮助”施工单位虚报工程量、违规提高项目单价、违反合同规定多付工程款等，套取建设资金2400多万元。2002年8月至2003年3月，承担贵州省遵义至崇溪河高速公路两个隧道的一家施工企业，利用伪造的产品质量检验单、采购单据，虚报材料采购量和使用量，套取工程款1905万元。
针对勘察设计失误、违反建设程序等问题，贵州、内蒙古、湖北等省(区)进行了认真核实，除了对为保证工程质量而增加的投资不再追究责任外，对勘察设计失误产生的投资浪费问题逐项进行了整改，已核减工程价款和收回建设资金5.75亿元。