此次提速，连中央高层领导都写信表示关注。为确保万无一失，铁道部花大钱引进国外先进技术，下大力气进行线路改造，多次举行模拟演练。但五一期间，还是暴露出了不少提速后遗症，毕竟此次大提速在中国铁路历史上前所未有，出现这样那样的问题在所难免，大提速尚需要大磨合。
大提速最先需要磨合的就是票价。动车组的开行，首先在票价上就引起广泛的争议，很多普通乘客就抱怨票价过高，甚至有乘客还上告相关部门，认为铁道部在动车组的定价上没有举行价格听证，同时未经法定听证程序就取消了部分特快和快速列车。北京到哈尔滨的动车组，运行时间比原来减少3个多小时，但是票价却比原来的列车高出一倍左右。
铁道部明确表示，票价最多可按六折下调，表明铁道部在顺应民意进行改革，但目前为止并没有看到相关的打折信息。铁道部不得不考虑的是，动车组目前还算不错的票售情况，一方面是有乘客体验的推动，另一方面刚好赶上五一黄金周，旅客为赶回单位上班，也会不考虑票价而乘坐动车组。
在任何时候，铁路部门都需要磨合自己的服务，动车组也不例外。坦白讲，动车组的乘车环境相比之下确实提高了一个档次，但是相应配套设施并没有跟上来，记者在广深铁路乘坐动车组时，候车大厅一片混乱，狭小的候车室挤满了人，整个人都无法下脚，空气也很污浊，几乎令人窒息。而且运行后的优质服务也没有持续性，因此有人戏言，“唯一没有降下来的就是票价，其他都降下来了”，全面提升服务质量，看来铁路部门还需要持续下工夫。
不仅软件服务需要提升，大提速的各项硬件设施也需要改善，特别是引进的动车组更需要磨合。此次五一期间，东北方向的几趟动车组就出现过这样那样的毛病，担任提速主力车型之一的CRH5在桥上“动弹不了”，经历几小时后另调机车才将动车组拖走。
铁道部一直称动车组的国产化率达到70%，在欣喜的同时，不能忽视动车组的核心技术都掌握在外国人手中，长期以来的“用市场换技术”政策应该有一个结局，不能长期维持这种局面，否则就不能让“和谐号”真正和谐起来。
火车大提速是一项系统工程，中国未来将有大范围的全面深入提速，在提速中不断全面磨合，铁道部还任重而道远。