经简化手续后，两岸直航船舶通常情况下只需向海关提交《总申报单》、《船员物品申报单》、《旅客名单》等三份申报单据，遇有承载货物、船舶物品和船员变动时，才需要提供相应的《货物申报单》、《船舶物品申报单》、《船员名单》。
福州海关负责人表示，海关将增派人手指导帮助直航船舶按照新规定办理申报手续，并实施设立专门窗口、限时办结等便利申报的措施。
目前，福建口岸对台直接往来客运船舶有三条固定航线：福州马尾—马祖、厦门—金门、泉州石井—金门。按现行规定，两岸直航客运班轮每航次抵港时，其船舶代理或船公司均应参照国际航行船舶申报办法，向海关提交六份申报单证，包括《总申报单》、《货物申报单》、《船舶物品申报单》、《船员名单》、《船员物品申报单》、《旅客名单》。
由于三条航线每月固定往返航班多达七百八十班次，每艘船舶每月往返少则二十班次、多则一百班次，承运直航的船公司和船代公司反映，每航次一报，申报次数频繁，且内容相同，重复率高。
对此，福州海关深入调研，了解到直航客运航线船舶基本未承揽货物、船舶物品相对稳定、船员少有变动的情况后，按照“服务对台大局、先行先试、务求实效”的原则，立即研究制定并报海关总署批准后，联合厦门海关正式推出简化直航船舶进出境申报手续的措施。
此前，面向两岸直航旅客，福建的海关机构推出了设置“绿色通道”、“合家欢通道”，提高旅客免税携带台湾商品价额，放宽游客携带台湾高粱酒数量限制，对从事直航的客运船舶给予进口机电产品税减免政策等一系列便利直航的通关措施。