作为沪通铁路的伏笔，江苏省、铁道部于今年4月18日启用了改扩建后的南通火车站，这一改扩建工程是铁道部全国19个重点客运枢纽站改扩建项目之一，改建后的南通站新主站房建筑面积11740.6平方米，新站房采用了全新的钢结构，候车面积3696.6平方米，设计候车能力6000人，设普通、母婴、软席、贵宾等4个候车室；售票厅369平方米，设14个售票窗口。
江苏省为加快建立全省综合交通运输体系，于2006年8月把省铁路建设办公室并入省交通厅，铁路、公路、水运全部集中在交通厅统筹规划，这在全国尚属首例。当月，江苏交通控股有限公司重组了江苏省铁路有限责任公司和江苏航空产业集团有限责任公司，三大集团的合并意味着全省2000多亿元国有资本为综合交通运输体系的构建提供了经济后盾。
沪通铁路最初走向是从上海浦东、长兴岛、崇明岛连接海门，在启东接轨宁启铁路。据查阅有关记录，沪通铁路2004年就开始了前期准备，有关专家就过江铁路的选址进行了专门勘察，实地查看崇启过江通道的规划和地形、气象、水文资料，完成了沪通铁路的调研报告。江苏省对建设沪通铁路持有高度积极性，江苏省副省长仇和2006年8月15日－17日专题调研时表态，沪通铁路建成之日就是南通经济社会发展腾飞之时，认为沪通铁路将使南通从空间地理上的“上海北”变成经济区域概念上的“北上海”，真正融入上海都市圈，成为上海都市圈的一部分。（