《实施意见》明确，对线内各类已建成的合法住宅及其配套设施、生产经营性建筑等，根据对生态影响的程度，分别采用不同的管理方法：线内各类已建成的合法住宅及其配套设施，以及污染物排放达标、对生态保护无不利影响的生产经营性建筑，可按现状、现用途保留使用；线内各类已建成的合法生产经营性建筑，对生态保护有不利影响的，规划主管部门应协同各区政府、街道办事处和环境保护等有关主管部门，引导相关权利人进行改造。其中不符合产业政策的，应在2009年12月31日之前完成产业转型，转为与生态保护不抵触的适宜用途；线内各类已建成的合法生产经营性建筑，不符合环境保护、水资源保护、水土保持、河道堤防等法律、法规、规章及相关标准与规范要求，无法整改或整改不合格的，环境保护、水务等有关主管部门应依法吊销相关许可证，并由工商主管部门依法查封该经营场所，土地主管部门依法收回土地使用权并给予补偿。
《实施意见》同时明确，在土地使用权使用年期届满之前，线内已建成的合法建筑物、构筑物应依照现行法律、法规和规章的规定维护、使用，不得擅自改建、扩建或拆旧建新。线内已建成的合法生产经营性建设用地在使用期满之前转让土地使用权的，土地主管部门应依法收购其土地使用权，并纳入政府土地储备；使用期满的，原则上不予以续期，由土地主管部门收回土地使用权。
对于线内已建成的居民点，《实施意见》也明确了处理办法。线内原农村居民点原则上不在原址实施旧村改造，逐步实施搬迁。确需在原址改造的，则应制定改造专项规划，规划还必须报市政府批准，而且，在原址实施旧村改造的，不得超过2005年11月1日《管理规定》实施时已建成的用地范围和建筑面积。
根据《实施意见》，线内原农村居民点将实施异地统建，把线内原农村居民点的建设用地逐步置换成生态保护用地。线内已划定原农村宅基地或者在城市化过程中确定非农建设用地标准但至今尚未建设住宅的原村民，原则上应由所在街道办事处组织在基本生态控制线范围之外集中建设公寓式多层建筑。在线内建成区的零星地块内已划给宅基地但尚未建设的原村民，按照有关规定程序经批准的，可在线内建设住宅，但建筑面积不得超过所在地居民小组的户均水平，建筑高度不得高于现状平均高度。
对生态线内违法建筑，《实施意见》明确，线内发生新的违法用地、违法建筑行为的，所在区政府、街道办事处及其城市管理综合执法部门的主要领导和直接责任人员均不得参加评优评先，情节严重的，对主管领导和直接责任人员依据法律、法规等相关规定予以行政处分；涉嫌犯罪的，依法移送司法机关处理。