仍有“税率选择”空间
业内人士告诉记者，在一定条件下，房产企业可以主动“选择”以1－3％的预征税率作为最终税率。
国税总局发布的《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》第七条指出，“房地产开发企业有下列情形之一的，税务机关可以参照与其开发规模和收入水平相近的当地企业的土地增值税税负情况，按不低于预征率的征收率核定征收土地增值税。”
这些情形包括：（一）依照法律、行政法规的规定应当设置但未设置账簿的；（二）擅自销毁账簿或者拒不提供纳税资料的；（三）虽设置账簿，但账目混乱或者成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额的；（四）符合土地增值税清算条件，未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的；（五）申报的计税依据明显偏低，又无正当理由的。
这一通知实际上给了部分房地产企业一种“税率选择”的空间。一位开发商表示，《通知》内容可以理解为，企业只要不能够提供证明就可以按照预征额来缴税。分析人士表示，对于一些小型房地产开发企业来说，他们可以主动“选择”预征税额为其最终缴税额，也就是说，最终的清算将不会影响其已经产生的利润。目前，上海土地增值税预征率根据各个区县不尽相同，大致在１％～2％之间，而全国范围则在1％～3％之间。
这一情形似曾相识。此前上海出台个人二手房交易个人所得税细则规定，如果无法提供完备资料，二手房个人所得税税率以房产总价的１％～2％计算，而不是增值额的20％。记者从中介公司了解到的情况显示，此后的个所税实际征收额大部分采用了总价1－2％的税率。
“普通住宅”有免税空间
而对于符合“普通住宅”的开发商来说，征税细则表示只要增值额达不到20％，这项增值税将可以免缴。
1995年1月，国税总局发布《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》除了规定具体征收税率之外，还在第十一条中指出，“纳税人建造普通标准住宅出售，增值额未超过本细则第七条(一)、(二)、(三)、(五)、(六)项扣除项目金额之和20%的，免征土地增值税；增值额超过扣除项目金额之和20%的，应就其全部增值额按规定计税。”
根据这一细则，部分普通住宅将可以免征土地增值税。
2005年5月，上海出台对于普通住宅的标准要求同时满足三个条件，包括（一）住宅小区建筑容积率在1.0以上；（二）单套建筑面积在140平方米以下；（三）实际成交价格：低于同级别土地上住房平均交易价格1.44倍以下，坐落在内环线以内的低于17500元/平方米，内环与外环之间的低于10000元/平方米，外环线以外的低于7000元/平方米。