棉花枯萎病、黄萎病在我国所有棉区都有发生。在不倒茬、不轮作棉田，呈逐年加重发生。枯萎病、黄萎病都属半知菌类，由带病菌的棉籽、棉饼、棉籽壳、棉株残枝落叶以及牲畜粪便等途径传染留存于土壤中。在棉苗生长期通过幼根或根须伤口处侵入棉株，全身受害。受感染病株的根、茎、叶柄内部的导管变成黑褐色或浅褐色的条纹状，变了色的维管束，严重阻碍棉株内部营养物质的输送，致使棉株矮缩、叶片萎蔫枯干脱落或发黄枯干。发病重的可脱成光杆，收成无几。棉花枯萎病发病高峰期在6月中下旬和7月上旬棉花现蕾期。黄萎病发病高峰期在8月花铃期。如果7至8月阴雨天多，低温寡照，枯萎病、黄萎病就会偏重发生，严重影响棉花产量和质量。由于两病往往同株混生，又没有根治的办法，所以俗称为棉花“癌症”，世界难题。 棉花“癌症”虽然不能根除，但采取以下措施可以减轻病害，减少产量损失。
一是倒茬轮作。对多年种植棉花且又发病重的地块，南方有条件的地方可以轮作水稻两年，土中病原菌基本灭绝。北方可轮作小麦、玉米三年，土中病原菌显著减少。但茄子、辣椒、瓜类、番茄、马铃薯、芝麻、花生、向日葵、甜菜、菜豆、绿豆、亚麻、烟草等作物也感染枯黄萎病，与棉花轮作起不到减少土中病原菌的作用。
二是种植高抗病品种。现在抗枯萎病耐黄萎病的棉花品种很多，但抗病、耐病的程度有很大差别。国欣牌棉种都是选择抗病、耐病能力强的品种，在一般病地种植病害不重，产量损失很小。特别是欣抗4号、国欣棉1号、国欣棉3号、国欣棉6号、国抗99-1、国抗杂1号、国欣4号等品种，对枯黄萎病感染很轻，受到了广大棉农的好评。
三是深翻土地，多施有机肥和磷钾肥。深耕土地对枯黄萎病发病轻重有一定影响，耕的深可把地表的枯枝、落叶、烂铃等翻埋到土壤深层，促使病残体分解腐烂，减少病菌的积累。很多科研单位通过试验证明，增施有机肥和磷钾肥比单独施氮肥发病率降低。
四是补充营养，排涝中耕。在棉苗染病前和染病初期，喷施叶面肥，增强营养，可提高棉株的抗病能力。如遇大雨，要及时排涝、中耕松土，也能减轻枯黄萎病的发生程度。 此外，还要注意安全使用芽前除草剂，忌连年过量使用氟乐灵、乙草胺等，以防其在土壤中积存过量导致棉苗受害；易发病地块在播种适期内适当晚播，以免温度波动加重病害。