目前，我国BB肥产业进入快速发展阶段，主要表现在：BB肥所需的基础肥料已可充足供应；BB肥的生产自动化装置与掺混技术已实现国产化；大型BB肥企业不断涌现，年设计产能10万吨以上的企业有20多家；BB肥系列化产品日益增多，氮、磷、钾总养分含量从25%～60%含量都有。但从整体上看，BB肥固有的优势及特征尚未充分显示出来。据调查分析，我国BB肥产业在研发、生产、运输、销售、施用等各个环节都还存在不同程度的问题，BB肥的推广应用尚未和测土配方施肥技术有效结合起来，主要问题如下。
配方技术含量低，产品针对性不强
目前市场上的大多数BB肥配方为高氮、高钾型，缺乏中、微量元素，但从我国农业实际需求来看，这些趋势不尽合理：一是高氮型配方不适合任何土壤和作物施用。在有灌溉条件的大田作物上若一次过多施用氮肥，既可能造成产量和品质的下降，又可能使氮利用率下降，加大损失，如小麦和水稻底肥氮施用过多，造成前期无效分蘖太多，后期倒伏风险大，千粒重下降。二是普遍高钾配方也不尽合理。对于粮食作物生产体系来说，并不是都需要施钾，如华北平原小麦主产区只有少部分农田处于缺钾状况，但市场上所有的BB肥几乎都含钾，这会带来钾资源的浪费。三是部分地区的部分作物已表现出对某些中、微量元素的针对性的需求，而目前市场上少见含中、微量元素的产品，如东部土壤缺硼导致部分农作物中、微量元素缺乏的现象比较普遍，尤其油菜、棉花缺硼比较普遍。
企业农化服务不到位
据山东化肥市场调查显示，约50%的厂家没有给农民提供服务，约30%的企业给农民赠送科技资料，约10%的厂家有科技讲座和免费咨询电话，极少厂家测土配方；约40%的厂家对经销商没有服务，给经销商的服务主要是产品宣传资料、允许退货换货等，极少有厂家对经销商做专业培训。可以看出近50%的BB肥厂家没有给经销商提供任何资料服务，与农化服务关系紧密的测土配方、示范试验和农技培训等工作也极少。目前BB肥产品成百上千，如何给众多的作物选择恰当的肥料对整体文化素质偏低的农民来说是一个大难题，企业必须承担一定的农化服务的责任。然而据化肥市场调查结果显示，企业农化服务不到位，农化服务往往仅作为企业的一种宣传手段。