始于2003年的整治违法排污企业保障群众健康环保专项行动已经成为我国规模最大、历时最长、影响最大的环境执法行动。4年来，国务院有关部门和地方各级政府，先后对重点行业、集中式饮用水源地、城市污水处理厂、“十五小”企业、工业园区、新建项目、自然保护区等方面开展了专项检查和集中整治。进入2006年，各地借着国务院关于加强环境保护的决定和第六次全国环保大会的强劲东风，进一步加大环境执法力度，推动环境法治进入新阶段。
部门密切配合，深入实际联合督查，遏制环境违法行为
环境投诉上升，环境突发事件频发，产业结构失衡，污染物排放量持续增加，环境问题已经成为制约我国经济社会发展的“瓶颈”。为解决环境与发展的尖锐矛盾，2006年，环保总局、国家发改委、监察部、司法部、工商总局、安全监管总局、电监会等国务院七部门和各级人民政府，认真贯彻落实国务院的部署，重点对威胁饮用水源安全的污染和隐患、工业园区的环境违法问题、建设项目环境违法问题等进行集中整治。七部门连续组织了两批13个联合督查组，对12个省的36个市(地)、县，20个饮用水源保护区、44个工业园区、207家企业进行了深入督查。环保总局还先后派出50余个检查组，对重点地区进行执法检查。在全国各地，越来越多的部门参与到环保专项行动中来，组成强大的执法阵容，采取强硬措施，严厉打击环境违法行为。
对突出的环境问题实行挂牌督办，实行查事与查人相结合。专项行动采取七部门联合审议，环保总局和监察部联合挂牌督办的方式查处突出环境问题。2006年，两部门共挂牌督办3批16个环境违法案件，涉及13个省133家企业，一批责任人受到严肃处理。全国各地共挂牌督办环境违法案件5701个，其中包括山西省忻州市、河南省新安县、浙江省金华市等违法出台“土政策”案。各地通过实行挂牌督办，解决了一批影响群众切身利益的环境问题；同时，强化了政府的环保责任，着力解决造成执法难的体制性问题。
2003~2006年，全国各地执法力度不断加大，出动执法人员从50万人次到167万人次，检查企业从20万家到72万家。持续深入的专项行动对环境违法行为保持着高压态势，有效地遏制了环境恶化势头。
集中力量解决影响经济社会发展大局的突出问题，促进经济增长方式转变
集中力量整治老大难问题，部分区域环境质量得到改善